Характерные недостатки шаговых двигателей:
шаговый двигатель обладает явлением резонанса;
возможен вариант выпадения двигателя из синхронизации с последующей потерей информации о положении, при работе цепи обратной связи;
при стандартных схемах подключения количество потребляемой энергии не уменьшается при отсутствии нагрузки;
сложности управления при работе на высоких скоростях (на самом деле эффективная работа шагового двигателя на высоких скоростях возможна;
низкая удельная мощность шагового привода; 
для обеспечения эффективного управленя шаговым двигателем требуется очень сложная схама управления.